Сооружения БиоКОС имеют в своем составе два типа обеззараживания биологически очищенной воды: УФ обеззараживание и обеззараживание на основе гипохлорита натрия. Поэтому после доочистки, очищенная вода проходит сквозь блок с лампами УФ-обеззараживания, в которой происходит уничтожение бактерий за счет насыщения воды УФ свечением, а для более глубокого обеззараживания вода после УФ очистки подается в контактный резервуар, куда дозируется раствор гипохлорита. Каждое из типов обеззараживания покрывает полную потребность в обеззараживании, поэтому нет необходимости использовать оба методами одновременно. При эксплуатации, можно выбрать один из этих вариантов обеззараживания, или, при повышенных требованиях к обеззараживанию или появлении риска отказа одного из типов обеззараживания, пользоваться обоими методами.